เรื่องราวของ “ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ผ่าปริศนาปมมรณะ” ครอบครัวอันตรายที่เต็มไปด้วยความลับและความสัมพันธ์ที่สับสนความเชื่อมโยงระหว่างเจ้าหน้าที่ตรวจสอบของเอฟบีไอ “นักแม่นปืนชื่อดัง”
อากาอิชูอิจิน้องสาวที่อ่อนเยาว์ที่สุดของตระกูลอากาอิเซระมัตสึมิ “นักสืบอาชญากรสาววัยมัธยม” ฮาเนดะชูคิจิ “ปรมาจารย์หมากรุกเจ็ดมงกุฎ” และแมรี่เด็กน้อยที่บอกว่าเธอเป็น “น้องสาวนอกเขตแดน” กำลังจะถูกเปิดโปง

เมื่อถึงจุดที่อากาอิชูอิจิตายที่ขอบ “Detective Conan: The Scarlet Alibi” ได้เปลี่ยนไปรอบ ๆ ศัตรูเก่าอามุโระโทรุหรือบูร์บงพยายามค้นหาการติดตามของชูอิจิจากหนึ่งในเอฟบีไอที่ยอมรับได้
ที่อามุโระติดตามความสัมพันธ์ระหว่างชูอิจิอากาอิและโองิยะสึบารุคำตอบที่น่าทึ่งก็เกิดขึ้นเรื่อย ๆ ชูอิจิกลับมาจากความตาย การเปิดโปงเบื้องหลังของ “รับประกัน” ปริศนาและการปรากฏตัวของโคนันเป็นจุดเริ่มต้นของเรื่องราวอื่น